शिशुओं में रिफ्लक्स के प्रकार का सही ढंग से निदान और निर्धारण करना महत्वपूर्ण है। आमतौर पर, प्रत्येक भोजन के बाद थोड़ी मात्रा में उल्टी, उल्टी में पित्त या रक्त की अनुपस्थिति, और शिशु के अच्छे समग्र विकास के साथ देखा जाने वाला रिफ्लक्स शारीरिक (सामान्य) माना जाता है। हालांकि, यदि शिशु के वजन बढ़ने में ठहराव या वास्तविक वजन घटाने जैसे संकेत मिलते हैं, तो पैथोलॉजिकल रिफ्लक्स का संदेह होना चाहिए और एक विस्तृत चिकित्सा मूल्यांकन आवश्यक है। अनुपचारित पैथोलॉजिकल रिफ्लक्स शिशुओं में विभिन्न गंभीर स्वास्थ्य समस्याओं को जन्म दे सकता है और लंबी अवधि में अन्य बीमारियों के विकास का मार्ग प्रशस्त कर सकता है। प्रमुख जटिलताओं में वजन घटाना, वृद्धि में देरी, अन्नप्रणाली की जलन के कारण दर्द और भूख न लगना शामिल हैं। नींद के पैटर्न में गड़बड़ी, बेचैनी, और सोने में तथा नींद बनाए रखने में कठिनाई हो सकती है। लगातार बार-बार उल्टी होने से दूध या पेट की सामग्री के श्वासनली में जाने (एस्पिरेशन) का खतरा बढ़ जाता है, जिससे बार-बार फेफड़ों में संक्रमण हो सकता है। इसके अलावा, स्वर रज्जु को नुकसान हो सकता है, और श्वसन मार्ग में ब्रोंकाइटिस अवरोध के कारण अत्यधिक घरघराहट या खरखराहट जैसी श्वसन संबंधी समस्याएं देखी जा सकती हैं।