कावासाकी रोग को सीधे तौर पर आनुवंशिक रोग के रूप में वर्गीकृत नहीं किया जाता है। हालांकि, इस बात के पुख्ता सबूत हैं कि आनुवंशिक प्रवृत्ति इसके विकास में भूमिका निभाती है। कावासाकी रोग के पारिवारिक इतिहास वाले बच्चों (विशेषकर यदि किसी भाई-बहन को यह बीमारी हुई हो) या विशिष्ट आनुवंशिक मार्कर वाले बच्चों में इस बीमारी के विकसित होने का जोखिम अधिक होता है। यह इंगित करता है कि आनुवंशिक कारक बीमारी की शुरुआत में महत्वपूर्ण योगदान देते हैं।