Die Kawasaki-Krankheit wird nicht als direkt erbliche Krankheit eingestuft. Es gibt jedoch starke Hinweise darauf, dass eine genetische Veranlagung eine Rolle bei ihrer Entwicklung spielt. Kinder mit einer Familienanamnese der Kawasaki-Krankheit (insbesondere wenn ein Geschwisterkind die Krankheit hatte) oder solche mit spezifischen genetischen Markern haben ein höheres Risiko, die Krankheit zu entwickeln. Dies deutet darauf hin, dass genetische Faktoren einen erheblichen Beitrag zum Ausbruch der Krankheit leisten.