काले फंगस (म्यूकरमाइकोसिस) रोग के उन्नत चरणों में सर्जिकल हस्तक्षेप की आवश्यकता हो सकती है। इसमें बीमारी के कारण गंभीर रूप से क्षतिग्रस्त ऊतकों और अंगों (जैसे नाक, फेफड़े और आंखें) को शल्य चिकित्सा द्वारा निकालना शामिल हो सकता है। सर्जरी का प्राथमिक उद्देश्य संक्रमण को शरीर के अन्य हिस्सों में फैलने से रोकना है।