एलर्जी तब होती है जब प्रतिरक्षा प्रणाली सामान्य रूप से हानिरहित बाहरी पदार्थों (एलर्जीन) के प्रति अत्यधिक प्रतिक्रिया करती है। इस स्थिति में, प्रतिरक्षा प्रणाली इन पदार्थों को खतरनाक के रूप में वर्गीकृत करती है, और एक अत्यधिक प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया लक्षणों का कारण बनती है। इसके विपरीत, ऑटोइम्यून बीमारियों में, प्रतिरक्षा प्रणाली सीधे अपने ही शरीर के घटकों को दुश्मन के रूप में पहचानती है और उन पर हमला करती है।