फेनिलकेटोनुरिया (PKU) से पीड़ित शिशु जन्म के समय पूरी तरह से सामान्य दिखते हैं। हालांकि, यदि जल्दी निदान और प्रबंधन नहीं किया जाता है, तो अगले महीनों में उन्हें भोजन संबंधी कठिनाइयाँ, उल्टी और त्वचा पर चकत्ते जैसे लक्षण विकसित हो सकते हैं। अनुपचारित पीकेयू मस्तिष्क में फेनिलएलनिन के अत्यधिक जमाव का कारण बनता है, जिससे गंभीर तंत्रिका संबंधी जटिलताएँ और बौद्धिक विकलांगता हो सकती है; इसके परिणामस्वरूप अक्सर IQ स्तर 50 से नीचे चला जाता है। फेनिलएलनिन और मेलेनिन वर्णक के बीच परस्पर क्रिया के कारण, प्रभावित शिशुओं की त्वचा आमतौर पर गोरी, बाल हल्के और आँखें नीली होती हैं।

फेनिलकेटोनुरिया के लक्षण और संकेत, जो हल्के से गंभीर तक हो सकते हैं, उनमें शामिल हैं:
* साँस, त्वचा या मूत्र में एक विशिष्ट फफूंद जैसी गंध।
* दौरे और अन्य तंत्रिका संबंधी समस्याएँ।
* एक्जिमा जैसे त्वचा पर चकत्ते।
* असामान्य रूप से छोटा सिर (माइक्रोसेफली)।
* अतिसक्रियता।
* विकास में देरी।
* व्यवहारिक, भावनात्मक और सामाजिक समस्याएँ।
* गंभीर बौद्धिक विकलांगता।
* मनोवैज्ञानिक विकार।