एनिसोकॉरिया का निदान एक नेत्र रोग विशेषज्ञ (ऑप्थाल्मोलॉजिस्ट) द्वारा नेत्र परीक्षण के माध्यम से किया जाता है। निदान प्रक्रिया के दौरान, लक्षणों का मूल्यांकन करने और अंतर्निहित कारण निर्धारित करने के लिए अतिरिक्त परीक्षणों का अनुरोध किया जा सकता है। पुतलियों का बेहतर मूल्यांकन करने के लिए परीक्षण के दौरान आंखों की बूंदों का उपयोग किया जा सकता है। एनिसोकॉरिया के कारण की गहन जांच के लिए निम्नलिखित उन्नत नैदानिक विधियों का उपयोग किया जा सकता है: चुंबकीय अनुनाद (एमआर) इमेजिंग, कंप्यूटेड टोमोग्राफी (सीटी) स्कैन, एक्स-रे, पूर्ण रक्त गणना।