किसी भी सर्जिकल प्रक्रिया की तरह, ऑस्टियोइड ऑस्टियोमा सर्जरी में कुछ जोखिम होते हैं। इन जोखिमों में मुख्य रूप से शामिल हैं:

* संक्रमण का जोखिम: सभी सर्जिकल हस्तक्षेपों की तरह, सर्जिकल क्षेत्र में संक्रमण विकसित होने की संभावना होती है।
* ट्यूमर का पता लगाने में कठिनाई: ऑस्टियोइड ऑस्टियोमा ट्यूमर के छोटे आकार के कारण, खुली सर्जरी के दौरान ट्यूमर को ठीक से स्थानीयकृत नहीं कर पाने की संभावना होती है।
* हड्डी फ्रैक्चर का जोखिम: यदि ट्यूमर के साथ बड़ी मात्रा में हड्डी के ऊतक हटा दिए जाते हैं, तो सर्जरी के बाद हड्डी फ्रैक्चर का जोखिम बढ़ सकता है। बड़े हड्डी दोषों के मामलों में, फ्रैक्चर के जोखिम को कम करने के लिए क्षेत्र में स्क्रू या प्लेट डाली जा सकती हैं।
* रक्त वाहिका और तंत्रिका क्षति का जोखिम: यदि ट्यूमर रक्त वाहिकाओं और तंत्रिका संरचनाओं के पास स्थित है, तो सर्जरी के दौरान इन महत्वपूर्ण संरचनाओं को नुकसान पहुंचने का जोखिम होता है।

हालांकि, आज उपयोग किए जाने वाले उन्नत तकनीकी सर्जिकल उपकरण इन जोखिमों को काफी हद तक कम करते हैं। विशेष रूप से, ओ-आर्म तकनीक, जो ऑपरेटिंग रूम में कंप्यूटेड टोमोग्राफी (सीटी) के उपयोग की अनुमति देती है, ऑस्टियोइड ऑस्टियोमा सर्जरी में संभावित जोखिमों को लगभग शून्य तक कम कर देती है और सर्जिकल सुरक्षा को बढ़ाती है।