अस्थि मज्जा प्रत्यारोपण, जीवन रक्षक प्रक्रिया होने के बावजूद, कई संभावित जटिलताओं को साथ लाती है। इनमें शामिल हैं:
* ग्राफ्ट-बनाम-होस्ट रोग (जीवीएचडी), जो केवल एलोजेनिक प्रत्यारोपण के लिए विशिष्ट है।
* ग्राफ्ट विफलता।
* अंगों को क्षति, संभावित रूप से यकृत, गुर्दे या फेफड़ों जैसे अंगों को प्रभावित कर सकती है।
* विभिन्न संक्रमण।
* मोतियाबिंद, बांझपन, या नए कैंसर जैसी द्वितीयक जटिलताएँ।

ग्राफ्ट-बनाम-होस्ट रोग (जीवीएचडी):
जीवीएचडी एलोजेनिक हेमटोपोएटिक स्टेम सेल प्रत्यारोपण (एचएससीटी) के लिए एक महत्वपूर्ण और संभावित रूप से गंभीर जटिलता है। यह तब होता है जब दाता की प्रतिरक्षा कोशिकाएं (विशेष रूप से टी-लिम्फोसाइट्स) प्राप्तकर्ता की कोशिकाओं को विदेशी के रूप में पहचानती हैं और एक प्रतिरक्षा हमला शुरू करती हैं, जिससे व्यापक सूजन और अंग की शिथिलता होती है। एलोजेनिक एचएससीटी के बाद जीवीएचडी रुग्णता और मृत्यु दर का एक प्रमुख कारण है।

जीवीएचडी या तो तीव्र रूप से, आमतौर पर प्रत्यारोपण के बाद पहले कुछ महीनों के भीतर, या दीर्घकालिक रूप से, प्रक्रिया के एक वर्ष से अधिक समय बाद प्रकट हो सकता है।

* तीव्र जीवीएचडी आमतौर पर त्वचा (दाने के रूप में), गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल ट्रैक्ट (दस्त, मतली और उल्टी जैसे लक्षणों का कारण), और यकृत (पीलिया का कारण) को प्रभावित करता है।
* दीर्घकालिक जीवीएचडी कई अंग प्रणालियों को प्रभावित कर सकता है, अक्सर अधिक गंभीर और लंबे समय तक चलने वाली क्षति का कारण बनता है। इसके विविध लक्षणों में जोड़ों या मांसपेशियों में दर्द, सांस लेने में तकलीफ, लगातार खांसी, दृष्टि में परिवर्तन, त्वचा में परिवर्तन (जैसे निशान, कठोरता या दाने), पीलिया (त्वचा या आंखों के सफेद हिस्से का पीला पड़ना), मुंह के छाले, दस्त, मतली और उल्टी शामिल हो सकते हैं।