Bien que la cause exacte du kératocône reste inconnue, des études scientifiques suggèrent qu'une prédisposition génétique joue un rôle. La conjonctivite allergique et le frottement oculaire chronique associé sont également considérés comme des facteurs de risque significatifs. De plus, les personnes atteintes de certaines conditions systémiques et génétiques telles que le syndrome de Down, le syndrome de Marfan et l'ostéogenèse imparfaite présentent un risque accru de développer la maladie.