La fente labiale et palatine peut souvent être diagnostiquée à la naissance par un examen physique complet. Une fente visible sur la lèvre ou le palais est généralement immédiatement apparente au moment de la naissance. Bien qu'un examen échographique prénatal détaillé pendant la grossesse puisse parfois détecter les fentes labiales, certaines formes moins évidentes, telles que les microformes, peuvent être difficiles à identifier avant la naissance. Cependant, après la naissance, un diagnostic clair peut généralement être établi en se basant sur l'apparence physique du nourrisson.

La fente labiale et la fente palatine peuvent se manifester de diverses manières :
* Une fente sur la lèvre et/ou le palais (voûte buccale) affectant un ou les deux côtés du visage.
* Une légère indentation ou encoche sur la lèvre, ou une fente plus étendue allant de la lèvre à la base du nez en passant par la gencive supérieure et le palais.
* Une fente dans le palais qui n'affecte pas visiblement l'apparence faciale.

Moins fréquemment, une fente peut survenir uniquement dans les muscles du palais mou à l'arrière de la bouche, recouverts par la muqueuse buccale (fente palatine sous-muqueuse). Ces types de fentes ne sont souvent pas apparents à la naissance. Les signes et symptômes de la fente palatine sous-muqueuse peuvent inclure :
* Difficultés d'alimentation
* Difficultés à avaler, pouvant potentiellement entraîner le passage de liquides ou d'aliments par le nez
* Une voix nasale
* Des infections de l'oreille récurrentes