La sialendoscopie présente généralement une incidence de complications remarquablement plus faible par rapport aux procédures chirurgicales ouvertes traditionnelles. Bien que ces occurrences soient rares, les complications potentielles peuvent inclure :
* Douleur
* Gonflement
* Traumatisme canalaire
* Fistule salivaire
* Récidive de la maladie
* Paresthésie linguale