La prise en charge de la colite microscopique est généralement moins complexe que celle des autres formes de colite. Elle présente souvent une résolution spontanée. Seule une petite proportion de patients nécessite une intervention thérapeutique à long terme. Le traitement implique typiquement des modifications diététiques et des médicaments visant à soulager les symptômes, en particulier la diarrhée.