La cause exacte du syndrome PFAPA n'est pas encore entièrement comprise ; cependant, certaines recherches suggèrent que des facteurs génétiques pourraient jouer un rôle. Pendant les crises de la maladie, en particulier lors des périodes de forte fièvre, une activation du système immunitaire est observée. Cette activation peut entraîner des symptômes tels que des maux de gorge, des aphtes buccaux ou une inflammation générale. Le syndrome PFAPA n'est pas contagieux et est généralement considéré comme une affection traitable.