Pendant une colposcopie, l'appareil de colposcopie n'entre pas dans le vagin, de sorte qu'aucune douleur ou gêne intense n'est généralement ressentie. Cependant, une légère sensation de pression peut survenir en raison du spéculum vaginal utilisé pour bien visualiser le col de l'utérus. Des solutions spéciales appliquées pour nettoyer le col de l'utérus afin d'obtenir une meilleure visualisation peuvent provoquer une brève sensation de picotement ou de brûlure. Si des zones suspectes sont détectées lors de la colposcopie et qu'une biopsie est nécessaire, l'expérience ressentie peut varier en fonction de la zone où la biopsie est prélevée : Les biopsies prélevées sur le col de l'utérus (région cervicale) ne sont généralement pas douloureuses car cette zone n'est pas riche en terminaisons nerveuses ; les patientes peuvent ressentir une légère pression ou une sensation similaire à des crampes menstruelles. Cependant, les biopsies prélevées sur les parties inférieures du vagin ou de la vulve peuvent être plus sensibles et provoquer des douleurs. Dans certains cas, une anesthésie locale peut être administrée lorsque plusieurs échantillons doivent être prélevés ou pour améliorer le confort de la patiente.