Während einer Kolposkopie tritt das Kolposkop-Instrument nicht in die Vagina ein, sodass im Allgemeinen keine Schmerzen oder starken Beschwerden empfunden werden. Ein leichter Druck kann jedoch durch das Vaginalspekulum entstehen, das zur klaren Sicht auf den Gebärmutterhals verwendet wird. Spezielle Lösungen, die zur Reinigung des Gebärmutterhalses für eine bessere Visualisierung aufgetragen werden, können ein kurzes Stechen oder Brennen verursachen. Wenn während der Kolposkopie verdächtige Bereiche festgestellt werden und eine Biopsie erforderlich ist, kann das Empfinden je nach dem Bereich, aus dem die Biopsie entnommen wird, variieren: Biopsien, die vom Gebärmutterhals (zervikale Region) entnommen werden, sind im Allgemeinen nicht schmerzhaft, da dieser Bereich nicht reich an Nervenenden ist; Patientinnen können einen leichten Druck oder ein Gefühl ähnlich wie Menstruationskrämpfe verspüren. Biopsien, die jedoch aus den unteren Teilen der Vagina oder der Vulva entnommen werden, können empfindlicher sein und Schmerzen verursachen. In einigen Fällen kann eine Lokalanästhesie verabreicht werden, wenn mehrere Proben entnommen werden müssen oder um den Patientenkomfort zu erhöhen.