La prolothérapie peut ne pas être une option de traitement appropriée pour tous les patients. En particulier, chez les personnes atteintes de certaines affections chroniques, l'efficacité du traitement peut être limitée ou il peut présenter certains risques. Dans de tels cas, le médecin proposera des méthodes de traitement alternatives plus adaptées à l'état de santé général et aux besoins du patient.