Les effets des traitements hormonaux peuvent varier en fonction du sexe du patient, du type de traitement administré et des facteurs individuels.

Chez les femmes : La ménopause induite par la thérapie hormonale est souvent temporaire. Cependant, dans des situations telles que le début du traitement à l'approche de la ménopause naturelle, l'ablation chirurgicale des ovaires ou la radiothérapie des ovaires, la ménopause peut devenir permanente.

Chez les hommes : Les traitements hormonaux peuvent entraîner des effets secondaires à long terme tels que des dysfonctionnements sexuels (dysfonction érectile). Dans certaines thérapies hormonales administrées pour le cancer de la prostate, le dysfonctionnement sexuel peut souvent s'améliorer dans les 3 à 12 mois suivant l'arrêt du traitement. Cependant, si les deux testicules sont retirés chirurgicalement (orchidectomie bilatérale), le dysfonctionnement sexuel sera permanent.