Se requiere que los pacientes lleguen al hospital en ayunas para el procedimiento. A diferencia de otros métodos endoscópicos, la CPRE generalmente requiere una estancia hospitalaria de una noche para la monitorización post-procedimiento hasta que el paciente pueda reanudar una dieta normal. Los pacientes deben seguir estrictamente cualquier instrucción específica proporcionada por su gastroenterólogo. Es esencial informar al médico sobre todos los medicamentos actuales y cualquier alergia conocida. Antes de la CPRE, se administra anestesia. Se inserta cuidadosamente un endoscopio a través de la boca, se guía por el esófago, a través del estómago y hacia el duodeno. Desde el duodeno, se localiza la papila, que es la abertura común de los conductos biliares y pancreáticos. Luego se inyecta un líquido de contraste en estos conductos para obtener imágenes detalladas, lo que permite la evaluación de características normales o anormales. Si es necesaria una intervención terapéutica, se pasan microinstrumentos especializados a través del endoscopio para realizar procedimientos como la extracción de cálculos, la dilatación de estenosis, la colocación de stents o la biopsia de tejido para lesiones sospechosas. Tanto los aspectos diagnósticos como terapéuticos del procedimiento generalmente duran entre 30 y 60 minutos.