La pequeña longitud congénita del pene, comúnmente conocida como micropene, a menudo se deriva de deficiencias endocrinas fetales. El hipogonadismo hipogonadotrófico, caracterizado por bajos niveles de hormonas gonadales masculinas, es una causa frecuente. El micropene también puede estar asociado con varios síndromes genéticos o desarrollarse a partir de orígenes idiopáticos.
El acortamiento peneano adquirido, distinto de los casos congénitos, puede estar relacionado con condiciones médicas específicas, intervenciones quirúrgicas y ciertas anomalías congénitas. Este fenómeno puede observarse en condiciones como la enfermedad de Peyronie, después de procedimientos quirúrgicos como la prostatectomía radical (frecuentemente realizada para el cáncer de próstata), o debido a malformaciones congénitas específicas.