El micropene es una condición congénita que generalmente surge debido a diversas deficiencias hormonales fetales. Entre estas deficiencias, la más común es el hipogonadismo hipogonadotrópico, caracterizado por una disminución en los niveles de hormonas masculinas. El micropene también puede asociarse con síndromes genéticos o desarrollarse como resultado de condiciones idiopáticas (de causa desconocida). Por otro lado, la brevedad del pene puede estar ligada a ciertas condiciones médicas y quirúrgicas. Estas condiciones pueden observarse en pacientes sometidos a prostatectomía radical por cáncer de próstata, individuos con enfermedad de Peyronie y aquellos con anomalías congénitas.