Wie bei jedem chirurgischen Eingriff bergen Operationen bei Trigeminusneuralgie inhärente Risiken. Eine umfassende Patientenbeurteilung ist für einen erfolgreichen chirurgischen Eingriff unerlässlich. Bestehende Gesundheitszustände wie Bluthochdruck, Diabetes oder chronische Lungenerkrankungen können das Risiko postoperativer Komplikationen erhöhen; daher ist eine effektive Behandlung oder das Management dieser Zustände vor der Operation entscheidend. Zusätzlich zu den anästhesiebedingten und allgemeinen systemischen Risiken birgt jedes chirurgische Verfahren auch seine spezifischen Risiken. All diese Risiken können durch die Erfahrung des Chirurgen, seine Sorgfalt und fortschrittliche Operationstechniken erheblich reduziert werden.

Spezifische Risiken, die bei mikrovasculären Dekompressions (MVD)-Operationen auftreten können, sind:
* Wundkomplikationen (Infektionen, Heilungsprobleme)
* Liquorleckage (Austritt von Gehirn-Rückenmarks-Flüssigkeit)
* Temporäre Gesichtslähmung oder -schwäche
Obwohl die meisten dieser Risiken durch sorgfältiges und gewissenhaftes Arbeiten des Chirurgen verhindert werden können, können sie niemals vollständig eliminiert werden.

Bei perkutanen Ablationsbehandlungen über das Foramen ovale können folgende Risiken beobachtet werden:
* Anhaltende Schmerzen (Ineffektivität der Behandlung)
* Dauerhaftes Taubheitsgefühl im Gesicht
* Trockene Augen
* In sehr seltenen Fällen die Entwicklung dauerhafter Gesichtsschmerzen
Wenn die Ballondruck-Ablation als Methode gewählt wird, ist die Wahrscheinlichkeit, dauerhafte Gesichtsschmerzen zu entwickeln, erheblich gering. Bei Radiofrequenz- und Alkoholanwendungen kann dieses Risiko jedoch höher sein.