Eine Leberbiopsie ist im Allgemeinen ein sicheres Verfahren, wenn sie von einem spezialisierten Arzt durchgeführt wird. Wie jedoch jeder medizinische Eingriff birgt sie ein gewisses Maß an inhärenten Risiken. Patienten können nach der Biopsie Schmerzen im Rippenbereich und in der rechten Schulter verspüren. Blutungen sind eine weitere potenzielle Komplikation, obwohl dies als geringes Risiko gilt. Gelegentlich besteht ein Infektionsrisiko. Sehr selten kann ein inneres Organ, wie die Gallenblase, versehentlich beschädigt werden. Die Ultraschallführung vor dem Eingriff minimiert diese Risiken erheblich.
Wird eine transjuguläre Biopsie durchgeführt, kann sich an der Katheter-Einstichstelle ein Hämatom (Blutansammlung) bilden, das zu lokalisierten Schmerzen führt. Gelegentlich kann dieses spezifische Verfahren Nerven beeinträchtigen, was potenziell zu vorübergehenden Effekten wie einem herabhängenden Augenlid (Ptosis) führen kann.