Die Hauptursache für Nageltumoren ist, wie bei anderen Hautkrebsarten, die Exposition gegenüber ultravioletter (UV) Strahlung. Nägel sollten, ähnlich wie die Haut, vor den schädlichen Auswirkungen der Sonne geschützt werden, und Breitband-Sonnenschutzmittel sollten auch auf sie aufgetragen werden. Personen mit empfindlicher Haut wird besonders empfohlen, diesbezüglich vorsichtiger zu sein.

Weitere potenzielle Ursachen für Nageltumoren sind chronische Traumata, chemische Expositionen, Strahlentherapien, Krebsarten, die das Immunsystem unterdrücken, wie Lymphome und Leukämien, immunsuppressive Medikamente wie Chemotherapie und Infektionen wie HIV/AIDS. Die Möglichkeit einer Krebserkrankung sollte auch bei jeder chronischen Wunde oder Blutung in Betracht gezogen werden.