Eine Endoskopie gilt im Allgemeinen als sicheres Verfahren, insbesondere im Vergleich zu chirurgischen Eingriffen. Wie alle medizinischen Verfahren birgt sie jedoch ein geringes Risiko.

Mögliche Risiken, wenn auch selten, umfassen:
* Blutung: Dies kann während diagnostischer, therapeutischer oder Biopsieverfahren auftreten.
* Infektion: Das Infektionsrisiko ist bei den meisten endoskopischen Untersuchungen und Biopsien gering. Es kann jedoch steigen, wenn zusätzliche Verfahren im Rahmen der Endoskopie durchgeführt werden. Die meisten Infektionen sind geringfügig und können mit Antibiotika behandelt werden. Prophylaktische Antibiotika können verabreicht werden, wenn Sie ein höheres Infektionsrisiko haben.
* Perforation: In seltenen Fällen kann ein Riss oder eine Perforation der Speiseröhre oder eines anderen Teils des oberen Gastrointestinaltrakts auftreten, was zu potenziellen Organschäden führen kann.
* Sedierungsreaktion: Um den Patientenkomfort während des Eingriffs zu gewährleisten, wird vor einer oberen Endoskopie in der Regel eine Sedierung verabreicht. Obwohl extrem selten, sind Nebenwirkungen auf die Sedierungsmittel möglich.

Patienten sollten sofort ärztliche Hilfe in Anspruch nehmen, wenn sie nach einer Endoskopie eines der folgenden Symptome entwickeln:
* Brustschmerzen
* Fieber
* Anhaltende Schmerzen an der Endoskopiestelle
* Kurzatmigkeit
* Schluckbeschwerden
* Starke und anhaltende Bauchschmerzen
* Erbrechen