Die Behandlung einer Lungenembolie dauert mindestens 6 Monate. Abhängig von Schweregrad und Ausprägung der Erkrankung kann ein Teil der Behandlung auch im Krankenhaus erfolgen. Bestehen genetische Prädispositionen (z.B. Protein C-Mangel, Faktor-V-Leiden-Mutation, Antithrombin-III-Mangel), kann eine lebenslange Einnahme von Blutgerinnungshemmern notwendig sein.