Die Duktoskopie gilt im Allgemeinen als sicheres Verfahren mit minimalen potenziellen Nebenwirkungen. Patientinnen können gelegentlich nach dem Eingriff vorübergehende Brustschmerzen oder leichte Hautrötungen erfahren. Abgesehen von diesen geringfügigen und vorübergehenden Effekten ist sie eine sehr zuverlässige Methode.