In der Speiseröhre kann eine Vielzahl von Krankheiten beobachtet werden. Dazu gehören hauptsächlich Tumore im Hals, der intrathorakalen Speiseröhre und am Mageneingang; sackartige Formationen wie Zenker-, mittthorakale oder epiphrenische Divertikel; große Hernien, bei denen mehr als ein Drittel des Magens in die Brusthöhle gelangt; Motilitätsstörungen wie Achalasie und Ösophagusspasmus; sowie Zustände wie Speiseröhrenstrikturen, Verbrennungen, Risse und die tracheoösophageale Fistel.