Die Behandlung von Anisokorie wird nach der Diagnose der Ursache festgelegt. Bei physiologischer Anisokorie, also wenn sie nicht durch eine andere Erkrankung verursacht wird, ist möglicherweise keine Behandlung notwendig. Im Falle einer pathologischen Anisokorie wird eine entsprechende Behandlungsmethode bestimmt. Mögliche Behandlungsmethoden bei Anisokorie sind:

Besteht ein Tumor, der eine Nervenkompression verursacht, kann ein chirurgischer Eingriff notwendig sein.
Bei Augenverletzungen kann je nach Schweregrad ein chirurgischer Eingriff oder eine medikamentöse Therapie erfolgen.
Bei Erkrankungen wie Glaukom werden Medikamente oder chirurgische Verfahren eingesetzt, um den Augeninnendruck zu kontrollieren.
Ist eine Anisokorie medikamentös bedingt, muss das Medikament möglicherweise gewechselt oder die Dosis angepasst werden.
Bei Migräne oder Cluster-Kopfschmerzen wird eine Migränebehandlung durchgeführt.
Besteht eine Entzündung im Körper, können entzündungshemmende Medikamente wie Antibiotika, antivirale Medikamente oder Steroide eingesetzt werden.