Die Chirurgie bildet die Grundlage der Fistelbehandlung. Die Wahl des richtigen Verfahrens ist jedoch entscheidend. Denn Ziel der chirurgischen Therapie ist die Entfernung der Fistel unter Erhalt der Kontinenz für Gase und Stuhl. Je nach Fisteltyp kommen folgende chirurgische Verfahren zum Einsatz: Fisteltomie, lose Seton-Anlage, Fistulektomie + Sphinkterplastik, LIFT-Verfahren, Gleitlappenplastik, modifiziertes Hanley-Verfahren, Fibrinkleber.