Nöronavigasyon kullanılacak cerrahi müdahalelerde, standart ameliyat hazırlıklarına ek özel bir hazırlık gerekmemektedir. Ancak ameliyat öncesinde, hedef bölgeye yönelik detaylı Manyetik Rezonans (MR) veya Bilgisayarlı Tomografi (BT) görüntüleri elde edilir. Bu 3 boyutlu görüntüler, nöronavigasyon sistemine yüklenerek cerrahi alanın detaylı bir haritası oluşturulur. Hasta ameliyathaneye alındıktan sonra, bir prob yardımıyla cerrahi bölgenin yüzey anatomisi bilgisayar sistemine tanıtılır. Bu entegrasyon sayesinde, cerrahi ekip ameliyat edilecek alana ulaşmak için en kısa ve güvenli yolu belirleyebilir. Nöronavigasyon cihazı, hastanın 3 boyutlu radyolojik verilerini kullanarak beyin veya omurilikteki riskli bölgeleri hassasiyetle gösterir. Bu, cerrahın yalnızca sorunlu dokuya odaklanmasını, çevreleyen sağlıklı dokuları koruyarak ameliyatı daha güvenli ve etkili bir şekilde gerçekleştirmesini sağlar.