Ortopedi ve travmatoloji hastalarında kök hücre tedavilerinin sayısı ve zamanlaması, her hastanın bireysel ihtiyaçlarına göre özelleştirilir. Tedavinin sonuçları da hastaya özgü faktörlere ve rahatsızlığın durumuna bağlı olarak önemli ölçüde farklılık gösterebilir.

Ortopedik rahatsızlıklarda kök hücreler, yağ dokusundan veya kemik iliğinden özel bir ekstraksiyon işlemiyle elde edilir. Bu ekstraksiyon işlemlerinin titizliği ve seçilen yöntemi, kök hücrelerin canlılığı ve kalitesi açısından kritik öneme sahiptir. Olası bir hastalığın bulaşmasını veya istenmeyen hücrelerin transferini önlemek için, kök hücre elde etme ve işleme adımları ile varsa hücre kültürü süreçleri, özel ve sıkı laboratuvar koşullarında gerçekleştirilmelidir.

Kök hücreler genellikle enjeksiyon yoluyla uygulanır. Bununla birlikte, cerrahi uygulama yöntemleri de mevcuttur. Uygulanacak kök hücre tedavisine bağlı olarak, hastaya lokal veya genel anestezi uygulanır.

Cerrahi olarak uygulanan kök hücre tedavilerinde, elde edilen kök hücreler genellikle matris adı verilen iskele benzeri taşıyıcılar üzerine yerleştirilir. Bu matrisler daha sonra rejenerasyon istenen hasarlı bölgeye dikkatlice konumlandırılır. Bu yöntemle, kök hücrelerin zamanla kıkırdak benzeri veya istenen diğer doku yapılarına farklılaşması hedeflenir.