Kolonoskopi, bağırsak kanserinin erken teşhisinde kritik bir öneme sahiptir. Risk faktörü bulunmayan bireyler için rutin kolonoskopi taramalarına 45-50 yaş aralığında başlanması tavsiye edilir. Ailesinde kolon kanseri öyküsü bulunan veya diğer yüksek risk faktörlerine sahip kişilerin ise taramalara daha erken yaşlarda başlaması gerekebilir. Kolonoskopinin tekrarlanma sıklığı, işlemin bulgularına ve hastanın kişisel risk faktörlerine göre değişiklik gösterir. Genellikle, ciddi bir anormallik bulunmayan veya çıkarılan poliplerin düşük riskli olduğu vakalarda, 5 yıllık aralıklarla takip kolonoskopisi önerilmektedir. Ancak, polip sayısı, tipi, boyutu veya kolonoskopi sırasında bağırsak temizliğinin yetersiz olması gibi faktörler, takip sıklığını önemli ölçüde etkiler. Özellikle tam bir değerlendirme yapılamayan durumlarda, bir yıl içinde tekrarlayan bir kolonoskopi gerekli olabilir. Ülseratif kolit veya Crohn hastalığı gibi inflamatuar bağırsak hastalıkları olan kişilerin kolonoskopi takip sıklığı, kendi gastroenteroloji uzmanları tarafından kişiselleştirilmiş bir yaklaşımla belirlenmelidir.