Yemek borusu kanseri ameliyatlarında genel riskler şunlardır:

En önemli risklerden biri, mide tüpünün yemek borusuna bağlandığı yerden kaçaktır. Bu bölgenin iyice kontrol edilmesi gerekir. Ameliyat sonrasında zatürre gelişebilir. Lenf sıvısı kaçağı da görülebilir. Zatürre ve lenf kaçağı gibi sorunlar hastanede ilaç tedavisi veya ikinci bir ameliyatla tedavi edilebilir. Kaçak nedeniyle zatürre gelişmesi ve sonrasında sepsis riski vardır. Ameliyat sonrası nadiren de olsa geçici ses kısıklığı görülebilir.