ERCP, alanında uzmanlaşmış gastroenteroloji uzmanları tarafından uygulandığında genellikle düşük riskli bir prosedürdür. Ancak, her tıbbi müdahalede olduğu gibi, nadiren de olsa bazı komplikasyonlar görülebilir. Olası komplikasyonlar arasında pankreatit (pankreas iltihabı), kolanjit (safra kanalı iltihabı) veya kolesistit (safra kesesi iltihabı) bulunmaktadır. Safra kanalının genişletilmesi amacıyla yapılan kesi (sfinkterotomi) sonrasında kanama veya perforasyon (delinme) gibi daha ciddi, ancak oldukça nadir görülen komplikasyonlar da ortaya çıkabilir. Bu nedenle, işlemi gerçekleştirecek uzmanın deneyimi ve uygulamanın yapılacağı sağlık kuruluşunun uygun donanıma sahip olması kritik öneme sahiptir.