Arta kalan embriyolar, çiftlerin bilgilendirilmiş yazılı onamı alınarak dondurulabilir. Bu dondurulmuş embriyolar, tüp bebek tedavisinin ilk denemesi başarısız olduğunda veya gelecekte ikinci bir çocuk arzu edildiğinde çözülerek kullanılabilir. Dondurulmuş embriyo transferleri ile taze embriyo transferleri arasında gebelik oranları açısından önemli bir fark bulunmamaktadır.