Tüp bebek tedavisinin başlangıcı, kadının tedaviye hazırlanması sürecidir. Bu hazırlık, iki temel protokol ile gerçekleştirilir: Uzun (agonist) protokol, genellikle adet döngüsünün 21. gününde başlar ve yumurta toplama işlemi yaklaşık 3-3.5 hafta sonra yapılır. Kısa (antagonist) protokol ise doğrudan adet dövogüsünün 2-3. gününde başlar ve yumurta toplama işlemi yaklaşık 10-12 gün içinde tamamlanır. Yumurta toplama sonrası elde edilen embriyoların rahme transferi, hastanın bireysel koşulları ve hekimin klinik değerlendirmesi doğrultusunda belirlenir. Bu transfer, taze embriyo transferi (yumurta toplama ile aynı dönemde) veya dondurulmuş-çözülmüş embriyo transferi (embriyoların dondurulup saklanarak daha sonra uygun bir zamanda transfer edilmesi) şeklinde yapılabilir.