Endoskopi işlemi sonrasında mide bulantısı veya boğaz ağrısı gibi hafif şikayetler görülebilir. Bu tür belirtiler genellikle birkaç saat içinde kendiliğinden düzelir. Bununla birlikte, işlem sonrası şiddetli mide yanması, yoğun karın ağrısı, nefes almada güçlük veya kanama gibi ciddi belirtilerle karşılaşılması durumunda vakit kaybetmeden bir sağlık profesyoneline başvurulması büyük önem taşımaktadır.