Tiroid ince iğne aspirasyon (İİA) biyopsisi genellikle çok güvenli bir prosedür olarak kabul edilir. Ancak, her tıbbi işlem gibi, bazı küçük potansiyel riskler taşır. Bu riskler genellikle biyopsi yerinde hafif kanama veya morarma, çok düşük bir enfeksiyon olasılığı ve çok nadiren tiroid bezi yakınındaki yapılara zarar gelmesidir. Yakın dokulara zarar verme riski, işlemin ultrason rehberliğinde yapılması sayesinde son derece düşüktür. Ek olarak, İİA biyopsi sonuçlarının bir nodülün kanserli olup olmadığını kesin olarak belirleyememe olasılığı da bulunmaktadır. Bu durum ortaya çıkarsa, biyopsinin tekrarlanması gerekebilir.