Otoimmün hastalıklar, bağışıklık sisteminin vücudun kendi dokularını yabancı olarak algılayıp saldırması sonucu ortaya çıkar ve potansiyel olarak vücuttaki hemen hemen her organı etkileyebilir. En sık etkilenen organlar arasında karaciğer, tiroit bezi, böbrekler, pankreas, bağırsaklar ve deri bulunmaktadır. Sistemik otoimmün hastalıklar, tek bir organla sınırlı kalmayıp, aynı anda birden fazla organ sistemini etkileyebilme özelliğine sahiptir.