Bağırsak polipleri teşhis edildiğinde çıkarılmalıdır. Uygulama, polipin türüne ve sayısına göre değişiklik gösterebilir.

**Polipektomi:** Polipektomi işlemi, forseps veya tel döngü kullanılarak polipin kalın bağırsaktan çıkarılmasıdır. Polip 1 santimetreden büyükse, polipin çevre dokulardan ayrılması ve izolasyonu için sıvı enjeksiyonu yapılabilir.

**Minimal İnvaziv Cerrahi:** Kalın bağırsak ve rektum taraması sırasında çok büyük veya güvenli bir şekilde çıkarılamayan polipler genellikle laparoskopik olarak (kapalı yöntemle) çıkarılır. Bu işleme minimal invaziv cerrahi denir.

**Kolon ve Rektum Çıkarılması:** FAP gibi nadir kalıtsal bir hastalık varsa, kolon ve rektumun çıkarılması (total proktokolektomi) için ameliyat gerekebilir. Bu tür ailesel sağlık sorunları olan kişilerde kolon kanserini önlemenin en iyi yolu kolon ve rektumun tamamen çıkarılmasıdır.

Eğer poliplerle birlikte enfeksiyon varsa antibiyotik tedavisi uygulanır. Polipler ilaç tedavisine yanıt vermiyorsa cerrahi müdahale gereklidir.