Bağırsaklarla ilgili semptomların, örneğin karın ağrısı, rektal kanama veya geçmeyen ishalin araştırılması ve altta yatan nedenlerinin belirlenmesi amacıyla bir uzman hekim tarafından kolonoskopi önerilebilir. Kolonoskopi aynı zamanda kolorektal kanser taramasında hayati bir rol oynamaktadır.