Kemik iliği (kök hücre) nakli sonrasında bağışıklık sisteminin yeniden yapılanması ve sağlıklı yeni kan hücrelerinin üretilmeye başlanması önemli bir zaman alabilir. Nakil sonrası immün sistemin toparlanması çeşitli faktörlere bağlıdır. Bu faktörler arasında kullanılan kök hücre kaynağı, uygulanan immün baskılayıcı tedaviler, ortaya çıkabilecek komplikasyonlar ve farklı bağışıklık hücre alt tiplerinin iyileşme süreleri yer alır. Sonuç olarak, tam immün rekonstitüsyon beş yıla kadar uzayabilir. Bu uzun iyileşme dönemi boyunca, kemik iliği nakli geçiren hastalar yüksek enfeksiyon riski altındadır ve sıkı önleyici tedbirlere uymaları gerekir. Ayrıca, kan hücresi sayılarında geçici düşüşler (sitopeni) sık görülen bir durumdur. Bu durum, anemi, aşırı kanama, vücutta morarmalar ve enfeksiyonlara karşı artan hassasiyet gibi komplikasyonlara yol açabilir. Bazı hastalarda bu süreçte kan transfüzyonları gerekebilir.