Karaciğer biyopsisi, uzman bir hekim tarafından yapıldığında genellikle güvenli bir prosedürdür. Ancak, her tıbbi işlem gibi, küçük de olsa bazı doğal riskler taşır. Hastalar biyopsi sonrası kaburga bölgesinde ve sağ omuzda ağrı yaşayabilirler. Kanama da potansiyel bir komplikasyondur, ancak düşük bir risk olarak kabul edilir. Nadiren enfeksiyon riski de mevcuttur. Çok nadir durumlarda safra kesesi gibi bir iç organ istem dışı zarar görebilir. İşlem öncesi ultrason rehberliği bu riskleri önemli ölçüde en aza indirmektedir.
Eğer transjuguler biyopsi yapıldıysa, kateterin yerleştirildiği bölgede kan birikmesi (hematom) oluşabilir ve bu da bölgesel ağrıya yol açabilir. Bazen bu özel prosedür sinirleri etkileyerek, geçici olarak göz kapağında düşüklük (pitozis) gibi sonuçlara neden olabilir.