Kapsül endoskopi, sindirim sisteminin ağızdan anüse kadar olan tüm bölümünü teknik olarak görüntüleyebilse de, esas olarak ince bağırsakların değerlendirilmesi için optimize edilmiştir. Mide ve kalın bağırsak gibi daha geniş lümenli bölgelerde kapsülün hızlı geçişi nedeniyle yeterli ve detaylı görüntüleme sağlaması zorlaşabilir. Standart endoskopi ve kolonoskopi, hekime hava insüflasyonu ile organ lümenini genişletme, kirli alanları yıkama ve şüpheli bölgeleri farklı açılardan detaylıca inceleme imkanı sunar. Ayrıca, bu yöntemler biyopsi alma, kanamayı durdurma gibi tanısal ve tedavi edici müdahalelerin yapılabilmesine olanak tanır. Kapsül endoskopi bu tür müdahale imkanlarını sağlamaz. Bu nedenlerle, özofagus, mide, duodenum, terminal ileum ve kalın bağırsak patolojilerinin teşhisinde endoskopi ve kolonoskopi yöntemleri genellikle daha üstündür. Ancak, ileri yaş veya ek hastalıklar gibi nedenlerle standart endoskopik işlemlerin uygulanamadığı durumlarda kapsül endoskopi, bu organların görüntülenmesine alternatif bir katkı sağlayabilir.