Kapsül endoskopi uygulamasının değerlendirilmesi ve gerçekleştirilmesi için aşağıdaki koşulların karşılanması gerekmektedir:

* Gereklilik: Standart endoskopi ve kolonoskopi yöntemleriyle tanı konulamayan veya bu işlemlerin hastaya uygulanamadığı durumlarda, ince bağırsak patolojisini kuvvetle düşündüren klinik ve radyolojik bulguların varlığı.
* Kontrendikasyonların Yokluğu: Hastanın sindirim sisteminde daha önce saptanmış bir darlık, tıkanıklık, geniş çaplı divertikül veya önemli bir cerrahi öyküsünün bulunmaması.
* Hasta Uyumu: Hastanın kapsülü güvenle yutabilmesi ve işlem protokolüne uyum sağlayabilmesi yeteneği.
* Özel Durum ve Güvenlik:
* Kalp Pili Varlığı: Kalp pili olan hastalarda kapsül endoskopi yapılabilir; ancak belirli pil tiplerinin kapsül teknolojisinden etkilenebileceği göz önünde bulundurularak, işlem öncesinde bir Kardiyoloji uzmanından detaylı değerlendirme ve onay alınması zorunludur.
* Kronik Hastalıklar: Diyabetes mellitus, hipertansiyon, kalp pili dışındaki kardiyak rahatsızlıklar veya renal disfonksiyon gibi kronik hastalıkların varlığı, kapsül endoskopi uygulamasını engellememektedir.
* Anestezi İhtiyacı: İşlem, genel anestezi gerektirmemesi nedeniyle geniş bir hasta popülasyonunda güvenle uygulanabilen bir tanı yöntemidir.