Kök hücrelerin elde edilmesi süreci genellikle sedasyon altında gerçekleştirilir, bu sayede hastalar ağrı veya rahatsızlık hissetmezler. Nadiren, bu aşamada hafif bir sıkışma veya baskı hissedilebilir. Tedavinin uygulanması sırasında ise, yönteme (enjeksiyon veya cerrahi) bağlı olarak uygun ağrı kesiciler kullanılır.