Endometriozis, kısırlık yaşayan kadınlarda önemli bir neden olarak karşımıza çıkabilmektedir. Bazı durumlarda endometriozise bağlı oluşan skar dokusu (yapışıklıklar), fallop tüplerinde tıkanıklıklara yol açarak gebeliği engelleyebilir. Ancak, çoğu kadında endometriozisin doğurganlığı nasıl etkilediği tam olarak anlaşılamamıştır.

Endometriozisin kısırlığa katkıda bulunabileceği mekanizmalar şunlardır:
Over rezervinde azalma: Yumurtalıklardaki yumurta sayısını (over rezervini) düşürebilir.
Yumurtlama fonksiyon bozukluğu: Düzenli yumurtlamayı engelleyebilir.
Fallop tüpü tıkanıklığı: Tüplerde tıkanıklık yaparak sperm ve yumurtanın birleşmesini önleyebilir.
Toksin üretimi: Spermleri olumsuz etkileyebilecek veya embriyoya zarar verebilecek doğal toksinlerin üretimine neden olabilir.
İmplantasyon başarısızlığı: Embriyonun rahim duvarına tutunmasını (implantasyonunu) engelleyebilir.
Embriyo gelişimi üzerinde olumsuz etki: Embriyonun sağlıklı gelişimini bozabilir.