Mide balonu patlaması riski, özellikle modern endoskopik balonlarda, son derece düşüktür. Eski tip balonlarda bu tür sorunlar yaşanmış olsa da günümüz balonları geliştirilmiş güvenlik özellikleriyle tasarlanmıştır. Bir mide balonunun patlaması durumunda, bağırsak tıkanıklığı gibi potansiyel komplikasyonları önlemek için acil endoskopik çıkarılması büyük önem taşır.

Hasta güvenliğini daha da artırmak amacıyla, modern mide balonları genellikle mavi renkli bir salin solüsyonu ile şişirilir. Olası bir patlama durumunda, bu boya emilerek hastanın idrarının maviye dönmesine neden olur. Bu durum, hastanın derhal hekimine başvurmasını sağlayan hayati bir erken uyarı işaretidir. Böylece balon mideden ayrılmadan önce zamanında müdahale edilebilir.

Nadir olmakla birlikte, mavi idrar renginin fark edilmemesi ve balonun ince bağırsağa geçmesi durumunda, ince bağırsak tıkanıklığına bağlı semptomlar gelişebilir. Bazı durumlarda balon, bağırsaklardan doğal yolla geçerek dışkı ile atılabilir. Bununla birlikte, mevcut balon teknolojileriyle bu tür komplikasyonların genel görülme sıklığı oldukça düşüktür.