Teşhis Amaçlı: Endoskopi, birçok semptom nedeniyle yapılabilir.

* Anormal kanama
* İnatçı karın ağrısı
* Yutkunma güçlüğü veya yemek borusu tıkanıklığı
* Geçmeyen mide bulantısı
* Uzun süreli ishal ve kabızlık
* Sebebi bilinmeyen kilo kaybı
* Mide ülseri
* Enfeksiyonlar
* Pankreatit
* Safra kesesi taşları
* Tümörler

Sindirim sistemindeki çeşitli rahatsızlıkların nedenlerini araştırmak için kullanılabilir.

Tedavi Amaçlı: Endoskopi cihazına özel aletler eklenerek tedavi amacıyla da kullanılabilir. Yemek borusu darlıklarını açmak, biriken sıvıyı boşaltmak, polip kesmek, yabancı cisimleri çıkarmak, hatta enfekte safra kesesi gibi küçük organları çıkarmak endoskopi ile mümkündür.

Bunun yanı sıra, endoskopi bazen ultrason gibi diğer işlemlerle kombine edilir. Endoskopik ultrason (EUS) olarak adlandırılan yöntemde, endoskopa bir ultrason probu bağlanır. Yemek borusu veya mide duvarının özel görüntülerini elde ederken, pankreas gibi ulaşılması zor organların görüntülerini daha kolay ve detaylı elde etmeye olanak sağlar.